Образовался в 2013 году, обрел юридическую независимость от Казахской академии транспорта и коммуникации

История высшего учебного заведения начинается с 1931 года, когда в г.Алма-Ате был открыт первый учебно-консультационный пункт филиал Среднеазиатского института инженеров железнодорожного транспорта , расположенного в г.Ташкент. Указанный высшее учебно-консультационный пункт с 1 октября 1967 года был реорганизован в Алма-Атинский филиал ТашИИТа. 20 мая 1976 года на базе филиала был создан Алма-Атинский институт инженеров железнодорожного транспорта (АлИИТ). 7 мая 1996 года на базе двух транспортных заведений –Алма-Атинского института инженеров железнодорожного транспорта и Алма-Атинского автомобильно-дорожного института –было образовано укрупненное высшее учебное заведение для транспортной отрасли – Казахская академия транспорта и коммуникаций (КазАТК). 23 мая 2000 года Казахской академии транспорта и коммуникаций было присвоено имя первого казахского инженера путей сообщения, крупного общественного и политического деятеля, одного из разработчиков проекта и строителя Туркестано-Сибирской магистрали Мухамеджана Тынышпаева. С 28.12.2022 года ТОО «Алматинский транспортный колледж им. М. Тынышпаева» переименовано в ТОО «Алматинский транспортный колледж академии логистики и транспорта» (сокращенное наименование ТОО «АКАЛиТ»). Сегодня Алматинский колледж академии логистики и транспорта — это ведущее высшее техническое учебное заведение Казахстана по подготовке кадров для железнодорожного (включая городской электротранспорт и метрополитен) и автомобильного транспорта, по информационным технологиям, телекоммуникациям и кадров для финансово-экономических структур. Учебно-научный процесс в АКАЛиТ осуществляется высококвалифицированным профессорско-преподавательским составом, более 62% которого являются докторами и кандидатами наук, профессорами и доцентами. При академии функционируют колледжи в городах Астана, Алматы, Актау, Актобе и Шымкент.